Đến khu du lịch sinh thái Phú Ninh, du khách có thể đi theo các lộ trình chính, nhưng trọng tâm vẫn là tham quan hồ Phú Ninh. Tại đây, các điểm tham quan chủ yếu thường là: bến xuất phát - mỏ nước khoáng - đảo Su - đập Dương Lâm - hố Nhỉ - hố Khế - hố Ba Trăng - đảo Ông Sơ - lăng Ông Nghè - đồi Sim - đập tràn - đảo Rùa - đảo 61. Thời gian đi thuyền tính theo giờ với các loại thuyền nhỏ (dưới 10 chỗ), thuyền lớn (35 chỗ); mức giá từ 80.000 đồng - 200.000 đồng/giờ; và 300.000 đồng/giờ đối với loại ca-nô 4 chỗ ngồi. Nếu du khách tham quan một
Mỗi sáng đưa thuyền dạo quanh các đảo ngắm bình minh lên đỏ ối phía chân trời, hay ghé làng chài lưới Tam Sơn, du khách có thể tận mắt chứng kiến cảnh người dân quây lưới bắt những chú cá mè, cá chép... to trên 5 kg quẫy nước ầm ầm. Chiều đến, thăm mỏ nước khoáng nóng trên 70 độ, sau đó ghé thuyền vào các hòn đảo, thả câu bắt cá bống - một loại đặc sản chỉ có ở hồ Phú Ninh để chế biến các món cá bống chiên xù, cá bống nướng hay kho tộ... Du khách sẽ kết thúc một ngày trọn vẹn rong chơi trên hồ khi hoàng hôn dần buông xuống trên dãy Trường Sơn. Đêm gió lành mát lạnh, từng đợt sóng nhỏ lăn tăn vỗ bờ cũng là lúc du khách trải chiếu quây quần bên bến thuyền chờ trăng lên, bên ly rượu nhấm nháp món cá bống mà chính mình đã câu được. Ngàn vạn ánh trăng bàng bạc rơi khắp hồ, vỡ tung...