Sở Kế hoạch và Đầu tư trả lời:

Trường Cao đẳng Bách Khoa Đà Nẵng (sau đây viết tắt là Trường) được thành lập theo Quyết định số 5036/QĐ-BGDĐT ngày 05/8/2008; hoạt động theo Quy chế tổ chức và hoạt động của các trường ngoài công lập do bà Nguyễn Thị Kim Phượng làm Chủ tịch HĐQT.
Vốn điều lệ của Trường tại thời điểm đầu năm 2009 là 39 tỷ đồng bao gồm: vốn góp bằng tiền mặt là 346.804.896 đồng, công cụ, dụng cụ thiết bị là 674.039.104 đồng và các tài sản cố định gồm: giá trị nhà và quyền sử dụng đất tại số 125 Phan Đăng Lưu, quận Hải Châu là 24.924.156.000 đồng và quyền sử dụng đất tại lô C2-KDC số 4 Nguyễn Tri Phương, quận Cẩm Lệ là 13.055.000 đồng.
Trước thời điểm thành lập trường, vợ chồng bà Phượng và Công ty TNHH Hồng Bàng (là cổ đông sáng lập trường) đã đứng tên vay một số ngân hàng TMCP để mua đất, xây dựng cơ sở vật chất và mua sắm trang thiết bị phục vụ cho việc thành lập trường, đồng thời dùng các tài sản trên để tham gia góp vốn điều lệ theo quy định.
Sau khi đi vào hoạt động, bà Phượng đã chuyển toàn bộ khế ước vay cá nhân đứng tên vợ chồng bà Phượng sang chủ thể Trường và ghi nhận toàn bộ chi phí lãi vay phát sinh trong các năm trước vào kết quả kinh doanh của Trường từ năm 2009 đến năm 2012. Khi kiểm tra tài chính trong niên độ từ năm 2009 đến năm 2012, kiểm toán độc lập đã xác định trách nhiệm trả lãi vay đối với phần vốn góp thuộc về cá nhân của bà Phượng chứ không phải của Trường và đề nghị điều chỉnh toàn bộ số lãi vốn vay của Trường sang khoản phải thu của bà Phượng. 
Kiểm toán Nhà nước KV3 kiểm tra niên độ tài chính năm 2012, đã xuất toán toàn bộ chi phí lãi vay ghi nhận trong kỳ và truy thu thuế TNDN, số tiền 260.900.620 đồng (tại Biên bản đối chiếu ngày 27/11/2013 của Kiểm toán nhà nước KV3).
Thanh tra thành phố kiểm tra niên độ tài chính năm 2013, tại Kết luận thanh tra số 701/KL-TTTP ngày 27/11/2014 đã kiến nghị xử lý truy thu thuế TNDN số tiền 359.544.680 đồng. Nguyên nhân do Trường ghi nhận số lãi vay năm 2013 số tiền 6.071.523.855 đồng vào chi phí hợp lý để xác định thu nhập chịu Thuế TNDN là không đúng quy định, cụ thể: 
- Chi trả vượt lãi suất quy định là 1.748.820.263 đồng; chi lãi vay trong quá trình đầu tư xây dựng hạch toán vào chi phí kinh doanh là 184.728.082 đồng; chi lãi vay góp vốn của chủ sở hữu là 909.809.741 đồng; 
- Chi lãi vay không phục vụ hoạt động giảng dạy của Trường là 3.228.165.769 đồng. Đối với khoản lãi vay này, qua kiểm tra xác định nguồn gốc của các khoản vay trong năm, cho thấy đây là khoản vay phát sinh từ các hợp đồng vay dùng để đáo hạn gián tiếp các khế ước vay của cá nhân đã góp vốn trước đây nên lãi phát sinh từ khoản vay trên không phục vụ hoạt động giảng dạy của Trường do đó đề nghị loại khỏi chi phí hợp lý theo quy định tại Điểm 1.1 và Điểm 2.16, Điều 6 Thông tư số 123/2012/TT-BTC ngày 27/7/2012 của Bộ Tài chính.
Về quan điểm xử lý đối với khoản lãi vay nêu trên tại Kết luận thanh tra số 701/KL-TTTP ngày 27/11/2014: tại Biên bản làm việc ngày 24/6/2015 giữa Thanh tra thành phố và Cục Thuế thành phố Đà Nẵng sau khi phân tích, đối chiếu với quy định hiện hành của Nhà nước khẳng định việc truy thu thuế tại Kết luận thanh tra số 701/KL-TTTP là đúng quy định tại Chuẩn mực kế toán số 16: Chi phí đi vay và Thông tư số 123/2012/TT-BTC của Bộ Tài chính.
Tại Biên bản làm việc ngày 14/4/2017 giữa Thanh tra thành phố và Chi cục Thuế quận Hải Châu cùng thống nhất nội dung như sau: 
- Việc kiến nghị xử lý truy thu thuế TNDN của Kiểm toán Nhà nước KV3 đối với niên độ năm 2012 và của Thanh tra thành phố niên độ năm 2013 nêu trên là đúng quy định của pháp luật và không trùng có sự trùng lắp. Việc đề nghị xem xét miễn giảm thuế TNDN của Trường theo quy định của pháp luật hiện nay không có cơ sở xem xét. 
- Đối với việc thực hiện Kết luận thanh tra số 701/KL-TTTP của Chánh Thanh tra thành phố: từ năm 2014 đến nay, Trường mới thực hiện nộp số tiền 137.863.404 đồng trên tổng số tiền phải truy thu về thuế TNDN là 359.544.680 đồng theo kết luận. Thanh tra thành phố đã nhiều lần có văn bản đôn đốc nhưng Trường chưa thực hiện đầy đủ theo quy định. Về nội dung trên, bà Phượng nhiều lần gửi đơn kiến nghị, Thanh tra thành phố cũng đã có văn bản trả lời về nội dung các sai phạm về thuế nêu trên không có cơ sở để xem xét theo quy định của pháp luật và yêu cầu Trường phải thực hiện nộp số tiền phải thu hồi còn lại tại kết luận thanh tra.
- Đối với việc thực hiện kiến nghị xử lý của Kiểm toán Nhà nước: Chi cục thuế quận Hải Châu đã nhiều lần có văn bản đôn đốc yêu cầu Trường thực hiện nộp số tiền truy thu thuế TNDN là 260.900.620 đồng theo kiến nghị của Kiểm toán Nhà nước nhưng Trường vẫn chưa thực hiện.