Lễ hội hội Quán Thế Âm được tổ chức trong ba ngày, từ ngày 17, 18 và 19 tháng 2 (âm lịch), trong đó ngày 19 là ngày lễ chính thức. Lễ hội gồm hai phần: Lễ và Hội. Phần lễ là các nghi lễ tín ngưỡng Phật giáo và nghi lễ truyền thống của địa phương. Trong ba ngày diễn ra lễ hội, ngoại trừ các sự kiện đặc biệt của từng năm thì phần lớn các sự kiện thường niên tổ chức đan xen kết hợp giữa phần Lễ và phần Hội. Hai phần này hòa quyện với nhau, trong lễ có hội và ngược lại trong hội có lễ.

Các nghi lễ truyền thống dân gian của địa phương được tổ chức đan xen cùng với các nghi lễ Phật giáo tại Lễ hội Quán Thế Âm Ngũ Hành Sơn gồm Lễ dâng hương tưởng niệm tại miếu thờ Huyền Trân công chúa và Lễ tế Xuân và Lễ tế Thạch Nghệ Tổ Sư nghề đá Non Nước.

Phần hội là những sinh hoạt văn hóa truyền thống mang đậm tính nhân văn, đậm đà bản sắc văn hóa dân tộc. Trong ba ngày diễn ra lễ hội, ngoại trừ các sự kiện đặc biệt của từng năm thì phần lớn các sự kiện thường niên tổ chức đan xen kết hợp giữa phần Lễ và phần Hội. Hai phần này hòa quyện với nhau, trong lễ có hội và ngược lại trong hội có lễ.

Phần hội có các hoạt động tiêu biểu như: Tổ chức các hội thi và triển lãm tranh, ảnh, thư pháp, thư họa, cổ vật…tại lễ hội; Hoạt động sinh hoạt hội trại, ẩm thực chay, trà đạo…; Diễn xướng nghệ thuật Bài Chòi; Các trò chơi dân gian; Giao lưu văn hóa Phật giáo với các nước trong khu vực; Ra mắt Đặc san Diệu âm; Mở cửa tham quan Bảo tàng Văn hóa Phật giáo.