Huỳnh Ngọc Huệ sinh năm 1914 ở xã Đại Hòa, huyện Đại Lộc, tỉnh Quảng Nam. Năm 1934, ra Huế học Trường Kỹ nghệ thực hành, tham gia Đoàn Thanh niên Dân chủ. Năm 1938, gia nhập Đảng Cộng sản Đông Dương. Từ năm 1939 đến 1945, ông bị địch bắt nhiều lần, ở tù nhiều nơi từ Đak Lây, Đak Tô, Kon Tum, Thừa Phủ (Huế), Hỏa Lò (Hà Nội), nhà lao Đà Nẵng…

Tháng 3-1942, ông cùng với Tố Hữu vượt ngục Đak Lây (tỉnh Kon Tum), băng rừng về lại quê hương, được đồng bào dân tộc Cơ tu cưu mang, nuôi dưỡng một thời gian. Sau đó, ông bị bắt lại tại Đà Nẵng, và bị đày đi Đak Tô.

Tháng 3-1945, ông vượt ngục lần nữa cùng với Nguyễn Duy Trinh, về lại Quảng Nam liên lạc với cơ sở Đảng tiếp tục hoạt động. Nhưng sau một thời gian ngắn, ông bị địch bắt trở lại, giam ở Hỏa Lò (Hà Nội), sau đó chuyển về nhà lao Đà Nẵng. Sau ngày Nhật đảo chính Pháp (9-3-1945), ông ra tù, trở về hoạt động ở Quảng Nam.

Tháng 5-1945, trong một cuộc họp bí mật trên sông Thu Bồn, ông được bổ sung vào Tỉnh ủy Quảng Nam. Sau đó được cử giữ chức Bí thư Thành ủy Đà Nẵng. Ngày 16-8-1945, Ủy ban Khởi nghĩa thành phố được thành lập: Lê Văn Hiến làm Trưởng ban, Huỳnh Ngọc Huệ làm Phó ban thường trực.

Tháng 10-1945, ông được bầu làm Thường vụ Xứ ủy Trung Kỳ, phụ trách công vận, Chủ nhiệm kiêm thư ký tòa soạn báo Tay thợ. Ông được bầu làm đại biểu Quốc hội của tỉnh Quảng Nam khóa I.

Ngày 27-5-1946, Hội nghị đại biểu công nhân toàn quốc họp ở Hà Nội quyết định thành lập Tổng liên đoàn Lao động Việt Nam, ông được cử giữ chức Tổng thư ký, được cử vào Ban Chấp hành Liên hiệp Công đoàn thế giới.

Tại Đại hội Đảng bộ Liên khu V lần thứ I (3-1949), ông được bầu làm Phó bí thư Liên khu ủy.

Năm 1949, trên đường từ liên khu 5 (ở Quảng Ngãi) ra Việt Bắc nhận nhiệm vụ mới, ông bị nhiễm trùng Tétanos (uốn ván) và mất ở Quảng Ngãi ngày 27-4-1949.

Thi hài ông được an táng tại Gò Cao, xã Nghĩa Hành, tỉnh Quảng Ngãi.

Ghi nhận những đóng góp của ông, chính quyền thành phố Đà Nẵng đã quyết định đặt tên một con đường mang tên Huỳnh Ngọc Huệ dài 1.160m, rộng 7,5m, nối đường Điện Biên Phủ với khu dân cư phía Tây Bắc sân bay Đà Nẵng, thuộc quận Thanh Khê và một ngôi trường tiểu học mang tên ông ở tại Quận Thanh Khê.

Cổng TTĐT thành phố